Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình được thành lập ngày 01/7/2025 theo Quyết định số 02/QĐ-UB của UBND tỉnh Ninh Bình, quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở. Trong quá trình kiện toàn và phát triển, UBND tỉnh Ninh Bình đã ban hành Quyết định số 1379/QĐ-UB thay thế hoàn thiện quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình, đáp ứng yêu cầu quản lý trong giai đoạn mới.
Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình thực hiện chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước về: nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thủy sản; thủy lợi; phòng, chống thiên tai; giảm nghèo; phát triển nông thôn; đất đai; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản, địa chất; môi trường; khí tượng thủy văn; biến đổi khí hậu; đo đạc và bản đồ; quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo; viễn thám; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý theo quy định của pháp luật.
Sáp nhập 2 Sở: "Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn" và "Sở Tài nguyên và Môi trường" tại 3 tỉnh:
Sáp nhập Sở Nông nghiệp và Môi trường của 3 tỉnh Nam Định, Hà Nam và Ninh Bình thành Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình.
